Thomas Henderson (* 15. August 1743 in Freehold, Monmouth County, Province of New Jersey; † 15. Dezember 1824 ebenda) war ein US-amerikanischer Politiker und im Jahr 1793 amtierender Gouverneur des Bundesstaates New Jersey. Zwischen 1795 und 1797 vertrat er seinen Staat im US-Repräsentantenhaus.